Это старинное село было образовано в 1820 году в годы царствования Александра I. Название дано по реке Кайтес (в переводе с кетского – крутобережная река).

Среди старожилов жива легенда, что первые русские люди здесь поселились еще при Ермаке. Якобы выбрал он это место четыре столетия назад для ссылки преступников. Первыми высадили посреди тайги «на голом месте» шесть семей Жарковых. Никто не пропал. Сначала вырыли ямы, сделали настил, который покрыли дерном. Лес и река кормили. Благовонный запах лиственниц давал силы. Со временем построили добротные дома из толстых бревен в «три обхвата», раскорчевали землю, выращивали хлеб, овощи, били шишку. За 10 лет Столыпинской реформы здесь стояло 13 дворов, в которых трудились 54 мужика. Старосту выбрали из рода Жарковых. Человеческие беды: скука, бедность и болезни – берут свое начало в лени, праздности и зависти. В Кайтесе таких напастей  не знали: люди много и плодотворно работали, торговали своей продукцией в Томске и в селе Богородском.
В 1926 году здесь проживали 274 человека в 49 дворах.

При советской власти деревня входила в состав Вознесенского сельсовета. В начале 30-х годов в Кайтесе образовалась сельхозартель «Колхозная деревня». Население Кайтеса к этому времени составляло 322 человека. В семидесятых годах колхозники стали разъезжаться.

Сегодня в деревне такая же тишина, как 200 лет назад: на 01 января 2022 года здесь живут всего 5 человек.